2019年国科大重庆学院与重庆交通大学、重庆理工大学和重庆邮电大学三所市属高校启动本科生菁英班联合培养工作。目前已与3所高校签订了本科生菁英班联合培养协议，分别成立了“材料物理菁英班”、“智能制造菁英班”和“计算机科学与技术菁英班”3个菁英班。

　　自2019年9月起3所高校的菁英班正式开班，目前每班规划30人/年。

材料物理菁英班（重庆交通大学）

计算机科学与技术菁英班（重庆邮电大学）

智能制造菁英班（重庆理工大学）